神界由三個國度組成，它們分別是天之國，地之國和水之國。其中，水之國的帝王擁有著統治三國的權利，他手中掌握著的由三枚神石製成的玉璽，代表了他至高無上的地位。一晃眼，帝王繼位已經三千年了，某日，水之國忽然湧現出了紅水，這也就意味著，一位新的帝王即將誕生。
水神河伯和神僕南修利一起來到了人間，尋找散落在這裡的神石和三位神石守護者。在誤打誤撞之中，河伯邂逅了名為尹素雅的外科醫生，又失去了神力。崇尚科學的尹素雅，對於河伯所說的話分毫不信，只當做是胡言亂語。然而，隨著時間的推移，河伯所說的話一一被證實，在互動和了解之中，一段曠世情緣在一神一人之間展開。